En 1921 y ocupando la planta baja del claustro, se abre al público el Museo Arqueológico de Vizcaya y Etnográfico Vasco bajo el patrocinio de la Diputación Foral de Bizkaia y el Ayuntamiento de Bilbao. Poco a poco el museo irá ocupando los edificio anexos y aumentando sus colecciones, colecciones que abarcan la arqueología de Bizkaia y la etnohistoria del País Vasco.

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En la actualidad el museo, conocido como Euskal Museoa / Museo Vasco de Bilbao, se encuentra en un proceso de renovación tanto a nivel museológico como museográfico. La apertura de un nuevo acceso principal hacia la plaza de Unamuno, un espacio abierto y público de fácil visualización es, sin duda, el punto de inicio de esta remodelación y el elemento más llamativo para quienes lo visitan por su claro contraste con la arquitectura del edificio histórico en el que se ubica.